도꼬모 일본유학입니다.
인호님의 경우에는 과거 3년씩이나 오버스테이를 했기 때문에 학생비자를 받기는 어렵습니다. 솔직히 도꼬모라면 절대로 인호님의 일본유학 수속을 진행해드릴 수가 없습니다. 
재류자격인정증명서를 발급하는 심사관의 입장에서는 과거의 불법체류한 분을 일본에서 공부할려고 학생비자를 신청하는 것이 아니라 또다시 일을 하거나 다른 목적으로 학생비자를 신청하는 것으로 판단할 것입니다.
정말로 본인이 공부목적이라고 설명해도 과거에 불법을 저지른 것을 아무리 순진한 사람일지라도 좋게 보질않습니다.
결국 일본유학은 포기하셔야 합니다.

관광비자에 대해서는 별도로 질문하지는 않으셨지만 현재 무비자이기 때문에 한국에서 일본까지 나가는 것은 문제가 없겠지만 일본공항에서 입국이 될런지 모르겠습니다.
일본 공항에서 입국심사 때 문제는 될듯합니다. 알고 있는바로는 오버스테일 후 5년 이내에는 관광비자를 주지않았던 것으로 알고 있기 때문에 아무리 무비자라고 해도 이 또한 입국이 어렵지 않을까 하네요.

만약에 관광비자로 입국이 가능하다면 인호님에게 3개월 단기어학연수를 추천해드리고 싶어서 드린 말씀입니다만 역시 장담할 수 있는 것이 아니다 보니...ㅠㅠ
안타깝네요. 불법체류는 절대로 금물입니다.
인호님 다른 방법이 있었으면 좋겠네요.

참고적으로 이 글을 읽으시는 모든 분들은 어느 나라에서든 그 나라의 법률을 위반하는 행동을 하지말기 간곡히 부탁드립니다.
인호님처럼 결국에는 그 피해가 부메랑이 되어 돌아온답니다.

하인호님의 글입니다.

안녕하세요? 정말 죄송하지만 일본에가려는데 과거 불법체류한 사실때문에 문의드립니다. 2001.4.20일 - 2004.7.08일(약3년간)간 요코하마에서 일하다 자진신고하여 한국에 들어왔습니다. 지금은 직장을 다니고 있습니다만 이번에 당시에 못했던 일본어 공부를 위해 유학을 가려고 하는데 비자를 받을 수 있을까요? 꼭 좀 자세한 방법 가르쳐 주세요.